En översikt över Whole Exome Sequencing (WES)

Hel exome-sekvensering (WES) är en molekylär genetisk process som kan användas för att identifiera alterneringar i gener. Denna metod är relativt ny, och i takt med att tekniken utvecklas snabbt förväntas ytterligare forskning och upptäckten av mer praktiska kliniska ändamål dyka upp.

Genetisk testning blir mycket populär - du kan köpa produkter som använder hår- eller salivprover för att identifiera vissa genetiska egenskaper och för att lära dig vilken etnisk bakgrund som ingår i ditt ursprung.

WES skiljer sig lite från den här typen av genetisk testning eftersom den används för att identifiera abnormiteter iAlltav dina gener, även om dessa abnormiteter inte tidigare har förknippats med någon sjukdom. Det är till exempel inte rätt test att leta efter en specifik genavvikelse, som de gener som identifierats i förhållande till bröstcancer.

Hur gener fungerar

WES kan användas för att leta efter mönster för att hitta den genetiska orsaken till en medicinsk sjukdom. Dina kromosomer är molekyler som innehåller din genetiska kod. (Du har 23 par kromosomer - dessa kallas också DNA-molekyler.) De består av långa strängar av nukleotidmolekyler. Din kropp läser sekvensen av nukleotiderna på dina kromosomer för att producera proteiner.

Förändringar av nukleotidsekvensen i DNA-molekyler står för variationerna i egenskaper hos oss alla.

Förändringar som orsakar sjukdom kallas ofta för mutationer.

Det hjälper dig att förstå några grunder om genetik om du funderar på att använda WES.

Gener och genom

Alla kroppens egenskaper bildas genom proteinproduktion. Gener är nukleotidsekvenser som kodar för de proteiner som slutligen producerar dina egenskaper. All genetisk kodning av alla dina 46 kromosomer kallas ditt genom.

Exoner

Nukleotidsektionerna i en DNA-molekyl som kodar för gener kallas exoner. De är blandade med introner, vilket är nukleotidsekvenser somkod inte för egenskaper. En enda gen kan bestå av flera exoner som kodar för flera proteiner. Exoner står bara för 1 till 2 procent av ditt totala DNA.

Varje exon börjar faktiskt med en nukleotidsekvens som uppmanar proteinproduktion att starta och slutar med en nukleotidsekvens som uppmanar avslutningen av proteinproduktionen.

Exome

Alla exoner i hela din uppsättning kromosomer kallas exome. Hela genomets sekvensering ser på hela ditt exom för att identifiera avvikelser som kan vara ansvariga för en sjukdom eller ett hälsoproblem.

Begränsningar

WES är ganska omfattande och det undersöker alla gener i din kropp. Det undersöker dock inte intron alls. Man tror att introner kan ha någon effekt på din kropp, även om den effekten inte är helt förstådd och för närvarande inte anses vara så inflytelserik som exons påverkan.

Bearbeta

WES använder ett blodprov för att analysera dina genomer. Varje cell i din kropp innehåller en fullständig kopia av alla 46 av dina kromosomer, så blodceller är tillräckliga för denna typ av test.

WES-testning använder en molekylär teknik som kallas hybridisering, som jämför nukleotidsekvensen för det samplade DNA: t med en standard- eller ”normal” DNA-sekvens.

WES kan ta upp mutationer som redan är kända för att orsaka sjukdom, och det kan också upptäcka förändringar i den genetiska koden som inte redan har associerats med en sjukdom.

Var man kan testas

Det finns många laboratorier som kör hela exome-sekvensering. Om din läkare vill att du ska ha en hel exome-sekvensering kan du få ditt blod att dras på din läkarmottagning och provet kan skickas till ett specialiserat laboratorium för tolkning.

Om du får testet utan läkarbeställning kan du kontakta ett specialiserat laboratorium som gör WES-test direkt och be dem om deras instruktioner.

Kosta

Det är viktigt att du kontrollerar testkostnaden och även kontrollerar om din sjukförsäkring täcker testkostnaden. WES är en relativt ny typ av teknik och ditt försäkringsbolag kan täcka kostnaderna eller inte, beroende på deras policy.

Om du planerar att betala för testet själv kan kostnaden ligga mellan $ 400 och $ 1500.

Överväganden

Om du eller ditt barn kommer att ha en hel genomisk sekvensering måste du vara medveten om konsekvenserna. Det finns en mängd saker att tänka på innan du genomgår WES.

Integritet

Dina genetiska resultat kan bli en del av din journal, särskilt om en läkare beställer ditt test och om din sjukförsäkring betalar för det. Ditt sjukförsäkringsbolag, företaget som kör testet och eventuellt någon av deras leverantörer (eller någon som hackar in i sina datorsystem) kan lära sig om du bär generna för någon känd genetisk egenskap.

Med tanke på att det här är genetiska tester finns det konsekvenser som kan påverka människor som är släkt med dig också. Även om det finns lagar för att skydda din integritet och föreskrifter som förhindrar att befintliga förhållanden påverkar din hälsotäckning, är denna nivå av information oöverträffad. Det kan finnas oväntade personliga och professionella resultat när det gäller sekretess.

Medvetenhet om sjukdomskänslighet

Många har oro för att genomtestning kommer att avslöja mer om deras hälsa än vad de ursprungligen hade förhandlat om. Förutom i extremt sällsynta fall - som Huntingtons sjukdom - avslöjar inte genetisk testning en persons medicinska framtid.

Det har potential att avslöja, i de flesta fall, att en person har en ökad risk för olika medicinska störningar. Eftersom en person är så noggrant testad kan det finnas några avvikelser som upptäcks. Men många kommer aldrig att leda till en specifik sjukdom eller tillstånd.

I denna fas av upptäckten är det troligt att ingen ens skulle kunna urskilja vad de exakta medicinska konsekvenserna är för en människas framtid, eller vilka "avvikelser" som till exempel leder till en viss sjukdom eller tillstånd.

Beslutar om ett test

Det finns flera liknande genetiska tester som utvärderar dina kromosomer annorlunda än WES, och det finns fördelar och nackdelar med olika typer av tester.

Kromosomal analys

Kromosomanalys beskrivs också karyotypning. Detta test kan analysera alla dina kromosomer för att se om det finns förändringar, till exempel en extra kopia av en kromosom eller en saknad kromosom.

Kromosomtestning kan också upptäcka betydande förändringar i kromosomstrukturen, såsom långsträckta eller korta kromosomer.

Karyotypning kan identifiera tillstånd som Downs syndrom, där det finns en extra kopia av kromosom 21. Det kan dock inte detektera små mutationer i en gen.

Hel genomisk sekvens

En hel genomisk sekvens liknar hela exomsekvensering förutom att den är mer omfattande. Det ser på hela genomet, inklusive intronsekvenser. Hel genomisk sekvensering är också dyrare än hel exomsekvensering.

Molekylära genetiska tester

Dessa studier beskrivs också som genetisk testning med mikroarray, och dessa studier jämför en liten del av ditt DNA med kända gener eller med en utvald DNA-sekvens för att hitta förändringar eller kända mutationer i ett specifikt område på en kromosom.

Dessa tester är användbara om du har symtom på ett tillstånd som orsakas av en mutation på en känd plats för en kromosom, såsom generna för Huntingtons sjukdom och vissa bröstcancergener.

Ett ord från Verywell

WES är fortfarande en relativt ny metod för genetisk testning och det är ännu inte helt klart hur det bäst kan användas i praktisk användning.

Det finns allvarliga problem att tänka på om du eller en nära och kära gör ett genetiskt test. Om behandlingen av ett misstänkt genetiskt tillstånd är skräddarsydd för den genetiska defekten har du potentiellt mycket att vinna genom testet. Även om testet inte kommer att påverka din behandling kan resultaten vara till nytta för att förstå din prognos och låta familjemedlemmar veta att de kan vara i riskzonen. Var noga med att noga tänka på hur du kommer att reagera på normala eller onormala resultat och att noga överväga din integritet innan du gör testet.